霍城县自汉代以来就是中国领土不可分割的一部分。清光绪十三年（1888年），清朝政府设绥定县。民国3年（1914年)，民国政府从绥定县析置霍尔果斯县。中华人民共和国成立后，绥定、霍尔果斯县属伊犁地区，霍尔果斯县改称霍城县。1965年国务院将绥定县改名为水定县。1966年国务院撤销水定县，将水定县行政区域划给霍城县。2014年6月，国务院同意设立县级霍尔果斯市，将原霍城县伊车嘎善锡伯乡、莫乎尔牧场、新疆生产建设兵团农四师61团和62团、霍尔果斯口岸划归霍尔果斯市。霍城县辖清水河镇、水定镇、芦草沟镇、惠远镇、萨尔布拉克镇、兰干镇、大西沟镇、三宫乡、三道河乡、良种繁育中心，驻有3个正县级单位—伊犁国家农业科技园区、果子沟-赛里木湖旅游风景区、国家级霍尔果斯经济开发区清水河配套园区。